Ученые из Пенсильванского университета (США) провели исследование, чтобы выявить происхождение штамма коронавируса «омикрон». Он распространяется по миру гораздо быстрее, чем другие патогены. За несколько месяцев он охватил 120 стран, сообщает Nature.
Известно, что SARS-CoV-2 произвел три основных варианта («альфа», «дельта» и «омикрон») примерно за 16 месяцев. Ученые назвали этот факт удивительным, поскольку «другие вирусы не совершают таких повторяющихся больших эволюционных скачков».
Авторы исследования проанализировали все 686 последовательностей «омикрона», которые были доступны к 7 декабря 2021 года. Они обнаружили, что «омикрон» относится к линии B.1.1, которая также включает «альфа»-вариант. Вместе с тем он генетически отличается от «альфы», а также от любых других известных вариантов коронавируса.
Проведя анализ частоты мутаций в сотнях секвенированных геномов и оценив скорость распространения, ученые установили, что «омикрон» появился в конце сентября – начале октября 2021 года. Источником его распространения в Южной Африке могла стать густонаселенная провинция Гаутенг между Йоханнесбургом и Преторией. Но поскольку в Йоханнесбурге находится крупнейший на африканском континенте аэропорт, штамм могли завезти туда из любой точки мира.
Известно, что «омикрон» обладает 50 мутациями по сравнению с исходным «уханьским» вариантом вируса. 30 из них связаны с аминокислотами в спайковом протеине 1, который помогает коронавирусу проникать в клетки. Предыдущие варианты имели не более десяти таких мутаций.
Многие мутации известны ученым, так как встречаются в других вирусах. Но более десятка из них оказались чрезвычайно редкими или уникальными.
Ученые отметили, что мутации «омикрона» стали результатом адаптивной эволюции. Вирус обладает высокой степенью передачи и частично уклоняется от защиты антител. Поэтому он смог быстро распространиться по Южной Африке, хотя уровень коллективного иммунитета там оценивался в 60%.
Ранее ученые назвали главную мишень «омикрона». Ею оказались легкие.
Подробнее в сюжете: Коронавирус