В городской среде выявили сотни неизвестных вирусов и бактерий

Ученые из разных стран провели крупнейшее в истории глобальное исследование городских микробиомов. Образцы микроорганизмов были собраны в 60 мегаполисах по всему миру, особое внимание уделялось транспорту и больницам, сообщает Cell.

Анализы показали, что у каждого города есть индивидуальное «молекулярное эхо».

«Если бы вы дали мне свой ботинок, я мог бы с точностью до 90% назвать вам город, из которого вы приехали», – отметил ведущий автор научной работы, профессор медицины Кристофер Мейсон.

Всего ученые проанализировали 4728 проб из городов, расположенных на шести континентах. Их собирали в течение трех лет. В результате удалось создать первый систематический всемирный каталог городской микробной экосистемы.

Исследование показало, что основной «набор» из 31 вида микробов встречается практически везде – его выявили в 97% образцов. Ученые идентифицировали 4246 известных видов городских микроорганизмов, но отметили, что в каждой новой пробе обнаруживаются ранее неизвестные науке разновидности.

Проект стартовал в 2013 году, когда Кристофер Мейсон начал собирать пробы микробной среды в метро Нью-Йорка. После того как он опубликовал первые результаты, с ним связались ученые из других городов, которые захотели провести такие же исследования у себя на родине.

Обработка данных производилась на суперкомпьютере Extreme Science and Engineering Discovery Environment (XSEDE) в Питтсбурге, что привело к открытию 10 928 вирусов и 748 бактерий, которые не присутствовали ни в одной справочной базе.

Со временем ученые начали собирать образцы не только с твердых поверхностей, но и из воздуха, городских водоемов и сточных вод. Исследование микроорганизмов имеет большое значение для выявления вспышек как известных, так и неизвестных инфекций. Кроме того, оно помогает изучить поведение устойчивых к антибиотикам микробов в городских условиях. Но это не единственные его цели.

Ученые отметили, что на Земле существуют миллионы видов микробов, но в данный момент секвенированы геномы только 100-200 тысяч. Открытие новых видов может помочь в построении генеалогических деревьев микробов. Благодаря им ученые увидят, как различные виды связаны друг с другом. Многие ранее неизвестные микроорганизмы могут иметь большой потенциал в медицинской области.

«Люди часто думают, что тропический лес – это изобилие биоразнообразия и новых молекул для лечения, но то же самое относится и к перилам метро или скамейке», – подчеркнул Мейсон.

Ранее сообщалось, что неизвестные науке микробы были найдены на МКС. Ученые выявили три штамма, которые не входят ни в один каталог.